cocos2d-xでSceneとSceneを切り替える際にトランジションを使うのだが、CCTransitionFlipXなどのトランジションを使用すると黒い背景がチラ見えしていやだなーと思っていた。
なんとかこの背景色を変えることはできないものかと探してみたら、できた。

CCDirector::setGLDefaultValues(void)

の中の

glClearColor(0.0f, 0.0f, 0.0f, 1.0f);

を変更すればOK。
背景を暗い灰色にするだけでもずいぶん違う。